Η μόνιμη έκθεση του ΜΝΝΤΑ περιλαμβάνει έξι θεματικές ενότητες. Κάθε θεματική ενότητα έχει σημαντικά εκθέματα, τυπωμένο εποπτικό υλικό και πλούσιες ψηφιακές παρουσιάσεις, που προσφέρουν στον επισκέπτη μια πολυδιάστατη εμπειρία γνωριμίας με τη ναυπηγική και ναυτική τεχνική παράδοση του Αιγαίου.
Από την είσοδό του στο μουσείο, ο επισκέπτης εισάγεται και μυείται στην τέχνη των παραδοσιακών ξυλοναυπηγών, με δύο θεματικές ενότητες που εκτείνονται σε όλο τον χώρο του ισογείου. «Η γέννηση των καϊκιών στα ναυπηγεία του Αιγαίου» εστιάζει στο ξεκίνημα της ναυπήγησης ενός καϊκιού με τον σχεδιασμό στη σάλα και στη συνέχεια ο επισκέπτης παρακολουθεί βήμα βήμα το «χτίσιμο» του καϊκιού από τους ξυλοναυπηγούς στην ενότητα «Η παραδοσιακή ναυπηγική τέχνη», που αποτελεί μία από τις λίγες ζώσες τεχνικές δραστηριότητες στο Αιγαίο, με άμεσες καταβολές από τη βυζαντινή εποχή.
Η μουσειακή αφήγηση συνεχίζει στον όροφο με την ενότητα «Οι ναυπηγοί του Αιγαίου», που αναφέρεται στους πρωτομάστορες των ναυπηγείων, τις διαχρονικές τους αξίες και την ξεχωριστή τους θέση στις τοπικές κοινωνίες, από τα αρχαία χρόνια μέχρι σήμερα. Απαραίτητη για την κατανόηση της εξέλιξης της ναυπηγικής τέχνης είναι η ενότητα «Πλοία και ναυπηγική στην αρχαιότητα», όπου με επιλεγμένα παραδείγματα ο επισκέπτης πληροφορείται για τον τρόπο κατασκευής των πλοίων σε παλαιότερες περιόδους και παρακολουθεί την εξέλιξή τους. Στην πέμπτη ενότητα, «Ταξιδεύοντας με τα κουπιά και τα πανιά», περιγράφονται τα μέσα πρόωσης πριν από τις μηχανές, σε ένα ταξίδι από την αρχαιότητα μέχρι και σήμερα.
Μια ξεχωριστή θεματική ενότητα αποτελούν «Οι βάρκες και τα καΐκια». Πρόκειται για επιλεγμένα σκαριά που εκτίθενται με πληροφοριακό υλικό εσωτερικά στο μουσείο και κυρίως στον υπαίθριο χώρο, και τα οποία αποτελούν μοναδικά τεκμήρια της πολύπλευρης ναυπηγικής παράδοσης του Αρχιπελάγους, που κληρονομήθηκε από γενιά σε γενιά, διαμέσου των αιώνων.
Η τυπολογία των ελληνικών καϊκιών διακρίνεται σε δύο μεγάλες κατηγορίες. Στην πρώτη, το κριτήριο ταξινόμησης είναι το σχήμα της γάστρας του κάθε καϊκιού, και στη δεύτερη, το μέσο πρόωσης, που παλιότερα ήταν κυρίως τα πανιά και τα κουπιά. Στην παρουσίαση των καϊκιών και των μικρών πλεούμενων του μουσείου ακολουθείται κυρίως η ταξινόμηση με βάση το σχήμα της γάστρας.
Δείτε τα καΐκια του μουσείου