Το ΜΝΝΤΑ έχει διασώσει και έχει εντάξει στην έκθεσή του δεκατρία καΐκια και μικρότερα πλεούμενα από διάφορες περιοχές του Αιγαίου. Όλα τα σκάφη του μουσείου ανήκουν σε διαφορετικούς τύπους και πέντε από αυτά είναι προστατευόμενα ως κινητά μνημεία από το Υπουργείο Πολιτισμού. Τα περισσότερα από τα μικρά πλεούμενα βρίσκονται ενταγμένα μέσα στις εσωτερικές ενότητες του μουσείου. Τα μεγαλύτερα καΐκια εκτίθενται στον εξωτερικό υπαίθριο εκθεσιακό χώρο, ο οποίος έχει διαμορφωθεί έτσι, ώστε να θυμίζει το εργασιακό περιβάλλον ενός ταρσανά. Περιλαμβάνει, επιπλέον, δυνατότητα κίνησης γύρω και πάνω από τα σκάφη, εξασφαλίζοντας την κατάλληλη περιμετρική θέασή τους. Την εικόνα αυτή συμπληρώνουν οι παραδοσιακές εγκαταστάσεις για την ανέλκυση και καθέλκυση των σκαφών, όπως και οι υπαίθριες τεχνικές δραστηριότητες του εργαστηρίου του μουσείου. Ο υπαίθριος εκθεσιακός χώρος περιλαμβάνει ακόμη μικρές εκθεσιακές ενότητες που συνδέονται άμεσα με τα καΐκια. Πρόκειται για το ψάρεμα και την σπογγαλιεία με συρόμενα δίχτυα εργαλεία που γινόταν από ορισμένους τύπους αλιευτικών καϊκιών, το ακτοπλοϊκό εμπόριο που διεκπεραιώνονταν με τα εμπορικά καΐκια μέχρι το δεύτερο μισό του 20ού αιώνα, και τις εργασίες συντήρησης, επισκευής και αποκατάστασης και κατασκευής των καϊκιών που εκπονήθηκαν στο πλαίσιο της προετοιμασίας του μουσείου.
